Adscrito al Departamento de Presidencia y Relaciones Institucionales, el Consejo de Cooperación Comarcal tiene la naturaleza de un órgano colegiado de la Administración Autonómica al que se el aplican, por tanto, los principios que para los órganos colegiados señala la Ley de la Administración de la Comunidad Autónoma de Aragón.

El Consejo de Cooperación Comarcal se define en el artículo 1 del Decreto 345/2002 como un órgano consultivo, deliberante y de cooperación entre el Gobierno de Aragón y las comarcas.

Es en el artículo 2 del mencionado Decreto, donde se regula la composición del mismo, estando integrado por representantes del Gobierno de Aragón y de las Comarcas. Los miembros representantes del Gobierno de Aragón son:

-Los Consejeros competentes en las materias de Política Territorial y de Hacienda que serán respectivamente Presidente y Vicepresidente del Consejo.
-Los Viceconsejeros de los Departamentos competentes en las materias de Política Territorial y de Hacienda.
-El Director General competente en materia de Administración Local y Política Territorial.
-El Director General competente en materia de Presupuestos, Tesorería y Patrimonio.
-El Jefe del Servicio competente en materia de Política Territorial que actuará como Secretario del Consejo.
-Los responsables de los Departamentos de la Diputación General o sus representantes que por razón de las materias que se traten fuese solicitada su presencia.

En representación de las Comarcas son miembros los Presidentes de las mismas, que voluntariamente quieran suscribir un protocolo de adhesión al Consejo. En la actualidad pertenecen al mismo los treinta y dos Presidentes Comarcales.

El Decreto 345/2002, de 5 de noviembre no recogía inicialmente en su composición por parte de la representación del Gobierno de Aragón la figura de los Viceconsejeros en Política Territorial y Hacienda.

Es tras comenzar la sexta Legislatura de las Cortes de Aragón y con ella, el nombramiento de Viceconsejeros en las materias de Política Territorial y Hacienda (Decreto 266/2003, de 21 de octubre, del Gobierno de Aragón, por el que se modifica la composición del Consejo de Cooperación Comarcal).

Posteriormente en el Decreto 17/2006, de 24 de enero de 2006, del Gobierno de Aragón, se aprueba la estructura orgánica básica de la Administración de la Comunidad Autónoma, desaparece el Viceconsejero de Política Territorial, lo que implica la modificación en la composición del Consejo de Cooperación Comarcal, así como en la Comisión Permanente General del Consejo.